A Microbiologia Ambiental é uma sub-área da microbiologia que estuda a  fisiologia, genética, interações e funções dos microrganismos no ambiente, e usa o conhecimento com o objetivo maior de manter a qualidade ambiental e contribuir para o desenvolvimento sustentável da sociedade moderna.

A Microbiologia Ambiental hoje faz parte do cenário científico mundial como uma área de estudos fundamental e inserida em diversos temas de grande importância, como biorremediação, biocatálise, biocombustíveis, controle biológico, fertilizantes, dentre outros.